「口罩實名制2.0」首波預購已於18日告一段落，由於未超過預購上限，預購者不用抽籤皆能獲得購買資格，並自即日起將陸續收到通知繳費郵件，以下將從收到通知郵件開始，到連結至「eMask 口罩預購系統」說明如何進行繳費動作。
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「口罩實名制2.0」首波預購開放繳費 第二波預購為3月25日起開始
按照「口罩實名制2.0」之前的規劃，無論是透過手機或在電腦預購，預購成功的話，將陸續收到通知繳費郵件，通知郵件的標題為「【請勿回覆】衛福部口罩預購通知」，內容簡單提到本服務不會再另外以簡訊或其他方式通知繳費，想要繳費得先連結至「eMask 口罩預購系統」查詢ATM轉帳帳號或進行信用卡支付動作。
如果想點開「健保快易通」查詢的話，也可透過健康存摺的預購口罩項目查詢，但同樣也會導到「eMask 口罩預購系統」進行繳費帳號查詢，這也是為何手機APP只能用ATM轉帳的方式，因為前面健保卡跟自然人憑證的認證查詢，其實都是電腦版需要讀卡的登入方式，手機只能透過繳費查詢(簡易查詢版)來查匯款帳號。
因此若是使用「健保快易通」預購的人，透過上述步驟連結至「eMask 口罩預購系統」後，請採用繳費查詢(簡易查詢版)，輸入身分證字號與預購登記之手機末三碼，驗證登入後即能查詢匯款帳號進行匯款，交易完成後也是在此查詢匯款狀況，需留意的是，ATM轉帳交易紀錄需等3/22早上8:00後方可查詢。
如果是在電腦上使用讀卡機進行自然人憑證或健保卡認證預購，交易的方式則較為多元，首先以自然人憑證或健保卡認證登入後，便會先進入「功能選擇」的頁面，左邊為口罩預購的介面，由於第一批已截止無法點選，但也公開第二批預購日期預計為3月25日早上9:00至3月26日晚上8:00；若想進行第一批預購的繳費動作，就點選右邊的「繳費查詢」。
接著看到繳費查詢及預購資料的資訊頁面，能夠選擇信用卡或ATM轉帳，若是選擇ATM轉帳，便會顯示匯款帳號，並在信用卡的按鈕旁提醒「若已於ATM轉帳請勿重複繳費」：
如果是用信用卡則為同頁面線上作業，一一填寫信用卡銀行、信用卡號碼等資料，需注意信用卡不支援國外卡及美國運通信用卡：
頁面中有個「增加繳費身分證字號」，點下去就能新增「身分證字號」，同時上方的口罩費用、運費及總額也都會跟著增加，初判應該是提供若有多名能採信用卡交易的認證者，可以請同一名認證者協助一次轉帳，不用一個個都要登入轉帳，而新增數經測試不含使用者本人最多為19人，需注意的是此方式並不會節省運費，主要是省去每個人各自登入轉帳的時間。
信用卡交易的資料都填寫完成後，便按確認送出等待線上交易完成，接著會跳出「請確認繳費身分證字號名單是否正確！」的提示視窗，沒問題後按確認：
成功的話就會跳出「已完成信用卡繳費。」視窗，按確認關掉。
接著就能立刻在繳費查詢頁面中看到已更新為「繳費完成」，3月26日－4月1日便可憑身分證、健保卡、駕照等身分證件領取，可以持親友證件代取。
「口罩實名制2.0」繳費的方式相對單純，皆透過「eMask 口罩預購系統」來獲得ATM轉帳帳號或信用卡交易，首波繳費期間為3月19日早上8:00－3月21日晚上8:00。不過以交易速度來說的話，用信用卡交易可能是快得多，也能立刻確定交易狀況。